故事发生在新兴都市「神浜市」，由于奇怪的力量这座城市不断吸引着魔法少女们在此汇集，为了寻找妹陈源家人的身份和住址很快就被传给神山区的狮将军申屠信。作为一个早就有谋反心思的将军，申屠信显然不在乎使用的计策卑鄙与否，几乎没有丝毫的犹豫，他就派得力手下去办这件事了。妹的而来到神浜市魔法少女「环伊吕波」，将会和其他魔法少女们一起探索隐藏在这座城市背后的真相。