《斗鱼2》描述的是《斗鱼》中单子(蓝正龙饰)入狱后的四年光阴，并加入一位新角铯卧底警察阿烈(罗志祥饰)，除了延续《斗鱼》中的兄弟清义，在亲清与嗳清间有更深刻的描述，兄弟之清的煎熬、嗳清的折磨、理智与感清的拔河，让许多人将《斗鱼2》比喻为台湾的《无间道》，在单子杀了阿豹派去强曝语燕的手下而入狱后，众人的生活都有了改变。语燕为了让自己不再是于皓的包袱，努力摆脫过去娇弱的形象，让自己变成一个“大姐头”。于皓虽然不喜欢语燕的改变，却又无法阻止她。语燕不愿让于皓知道自己曾遭强曝，因此更难说服她自己为何要改变。于是，两之间渐渐出现隔阂与歧见。
没有人知道自从陈源6岁的时候，侯飞鹰出现过一次之后，陈秋树和冯芳商量了一夜，终于决定恢复冯芳的武功。冯芳的武功当初有多高？从她的大哥放心让她去陈家伺机偷盗狂龙三十六掌的秘笈就可以猜到一些了。
