A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦自从上次发现这团风系元力无时无刻不在消散的时候，陈源就在猜测他脑海里的纷乱记忆每次涌出来。是不是与这些元力的消散有关。争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番)，航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome为举行LIVE来到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！！！
